Dans le Jura, le lynx a reconstitué un noyau de population qui semble pérenne, et il est devenu avec le Grand Tétras un des indicateurs de qualité des forêts et parfois le symbole d’une volonté de réparer les dégâts environnementaux. Il affectionne particulièrement les lisières de forêt qui lui permettent de se déplacer discrètement. Les plus chanceux le verront peut-être traverser le lac de Vouglans à la nage…
Le Lynx Boréal est un prédateur solitaire, actif du crépuscule au lever du soleil. Le territoire du mâle recouvre celui d’une ou plusieurs femelles. Le lynx mâle est intolérant envers les autres mâles traversant son territoire, mais ce sont les femelles qui restent les plus vindicatives entre elles. Les territoires comportent cependant des « zones neutres » où il est possible de circuler sans qu’il y ait affrontement : il s’agit fréquemment des limites du territoire.
Chaque adulte a un territoire de 11 à 300 km2, selon l’abondance des proies ; lorsqu’elles sont rares le lynx doit patrouiller des zones plus vastes pour se trouver à manger.
En 2009, le Lynx Boréal en France a été placé dans la catégorie « espèce en danger » par l’IUCN. En France, le Lynx Boréal bénéficie d’une protection totale depuis l’arrêté ministériel du 17 avril 1981 relatif aux mammifères protégés sur l’ensemble du territoire. Il est donc interdit de le détruire, le mutiler, le capturer ou l’enlever, de le perturber intentionnellement ou de le naturaliser, ainsi que de détruire, altérer ou dégrader son milieu. Qu’il soit vivant ou mort, il est aussi interdit de le transporter, colporter, de l’utiliser, de le détenir, de le vendre ou de l’acheter.
