L’exposition permanente présente la vie quotidienne à l’époque gallo-romaine dans le sanctuaire du Mont Rivel et le quartier artisanal de Saint Germain en Montagne. Une deuxième salle montre les collections mérovingiennes provenant des fouilles des cimetières de Crotenay et Monnet la Ville.
Le musée accueille régulièrement des expositions temporaires (l’été).